Publikasi whole genome sequence (WGS) dari sampel Covid-19 yang berasal dari Jawa Barat di GISAID

Penulis : Dr. rer. Nat. Marselina I. Tan, Dr. Azzania Fibriani dan Dr. Husna Nugraha Praja

BANDUNG, SITH.ITB.AC.ID – Akhirnya pada tanggal 10 Agustus 2020 kolaborasi Task Force Riset dan Inovasi dalam penanganan Covid-19 berhasil mempublikasikan whole genome sequence (WGS) dari dua sampel Covid-19 yang berasal dari Jawa Barat. Perjalanan panjang ini dimulai pada pertengahan Maret 2020, dimana BPPT menginisiasi suatu kolaborasi antara institusi dan perguruan tinggi yang ada di Indonesia untuk menangani Covid-19, kolaborasi ini dinamakan Task Force Riset dan Inovasi dalam penanganan Covid-19 (TFRIC). Beberapa perguruan tinggi dan institusi yang tergabung dalam TFRIC diantaranya adalah BPPT, ITB, UNPAD dan Labkes Jabar, Wakayama College, Balitbangkes, Sayurbox, Yarsi. Dalam TFRIC-19 terdapat beberapa working group, diantaranya adalah Working Group Whole Genome Sequence yang diketuai oleh Dr. rer. Nat. Marselina I. Tan yang berasal dari Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati (SITH), ITB. Dalam working group ini tergabung juga Dr. Yunia Sribudiani (FK UNPAD), Dr. Catur Riani (SF ITB), Dr. Azzania Fibriani (SITH, ITB) dan Dr. Husna Nugraha Praja (SITH ITB).

Tugas dari working group ini adalah untuk melakukan analisis WGS dari sampel Covid-19. Analisis ini diperlukan dalam penelitian dan pengembangan di bidang terapi, vaksin maupun diagnostik sehingga di masa depan dapat dilakukan pencegahan dan penanganan infeksi Covid-19 dengan lebih baik lagi.

Awalnya sampel direncanakan diambil dari berbagai daerah yang dapat mewakili sampel Covid-19 dari Indonesia. Namun, dalam perjalanannya terdapat hambatan teknis sehingga sampel hanya bisa diperoleh dari Laboratorium Kesehatan (Labkes) Provinsi Jawa Barat. Tim WGS dalam hal ini sangat diuntungkan, karena adanya dukungan penuh dari Gubernur Jawa Barat, sehingga proses pengambilan sampel berjalan dengan lancar. Adapun pelaksanaan proyek ini berlangsung di tiga laboratorium yaitu; laboratorium kesehatan provinsi Jabar untuk rekrutmen pasien dan isolasi RNA, laboratorium genetika molekuler FK Unpad untuk pembuatan cDNA dan analisis Next Generation Sequencing (MisSeq, Ilumina), dan laboratorium di ITB untuk analisis bioinformatic.  Pada bulan Juni-Juli 2020, sejumlah 141 sampel positif dari pasien Covid-19 dengan Ct value 20-35 berhasil dikumpulkan. Setelah melewati seleksi yang ketat, terdapat 24 sampel yang kualitas dan kuantitasnya memenuhi kriteria yang ditentukan untuk analisis lebih lanjut. Dari ke-24 sampel tersebut dua sampel yang berhasil di sequencing (full coverage).

Gambar 1. Filogenetik WGS sample yang berhasil disequence oleh tim TFRIC-19

Pada tanggal 10 Agustus 2020, bertepatan dengan Harteknas, kedua sampel tersebut berhasil dipublikasikan di GISAID, suatu badan yang memuat data base dari virus Covid-19. Analisis bioinformatik menunjukkan bahwa kedua sampel tersebut termasuk ke dalam clade GH (Gambar 1), sama seperti sampel Indonesia yang berasal dari Tropical Disease Center, Universitas Airlangga. Hal ini cukup berbeda dengan sampel-sampel dari Indonesia yang sudah dipublikasikan sebelumnya. Sampel-sampel terdahulu yang berasal dari Lembaga Eijkman dan juga Tropical Disease Center, Universitas Airlangga, mengelompok dalam clade L.  Hasil analisis bioinformatik menggunakan program BLAST menunjukkan bahwa sampel tersebut memiliki kekerabatan yang dekat dengan virus yang berasal dari Saudi Arabia, USA dan India.

Analisis bioinformatik lebih lanjut menunjukkan adanya 13 titik pada urutan genome sampel Jabar yang berbeda dengan sampel virus yang berasal dari Wuhan, Cina. Dalam hal ini, tim masih mempelajari apakah perbedaan tersebut akan signifikan mempengaruhi disease outcome dari pasien atau tidak. Dua hal menarik yang bisa dipelajari lebih lanjut adalah, yang pertama apakah perbedaan sampel Jabar dengan sampel Indonesia pada umumnya mempengaruhi tingkat keparahan penyakit pada pasien, seperti telah diketahui Jabar memiliki tingkat mortalitas yang lebih rendah dari DKI dan Jawa Timur. Pertanyaan kedua adalah, apakah terjadi pergeseran sirkulasi virus yang terdapat di Indonesia. Dari hasil sequencing sampel DKI dan Jawa Timur yang diambil pada bulan Maret-April menunjukan dominansi clade L, sedangkan pada sampel Jabar yang diambil pada bulan Juli, keduanya termasuk ke dalam clade GH. Kedua pertanyaan tersebut dapat dijawab dengan pengambilan sampel yang lebih banyak dan representative untuk di sequencing. Oleh karena itu TFRIC akan melakukan sequencing tahap dua pada bulan Agustus-September 2020. Dalam sequencing tahap dua ini akan direkrut 24 sampel lagi.  Selain proyek tersebut, Labkes provinsi Jabar sendiri berencana akan melakukan analisis sequencing pada 50 sampel yang lain. Dengan bertambahnya data WGS Covid-19 dalam waktu dekat, diharapkan dapat menjadi masukan dalam menanggulangi permasalahan Covid-19, khususnya di Indonesia.

Berita Terkait

EnglishIndonesia